Mystery species

Bodemcolumn van November door Kelly Ramirez

De bodem is één van de meest soortenrijke omgevingen die er bestaan. In een handjevol aarde vind je meer dan 5000 verschillende soorten bacteriën, archaea, schimmels, protisten, nematoden, raderdiertjes en andere eukaryoten.

Maar omdat het grootste deel van deze rijkdom zich aan het oog onttrekt, kan het lastig zijn om al die verschillende soorten te benoemen en beschrijven. Daar komt nog bij dat veel micro-organismen (eencelligen), zoals bacteriën en schimmels, zich maar moeilijk laten kweken en in een laboratorium bestuderen.

Om toch het leven in de bodem te kunnen onderzoeken, nemen veel wetenschappers hun toevlucht tot moleculaire technieken. Alle organismen – van bacteriën tot planten, dieren en mensen – hebben namelijk een uniek DNA profiel. En met behulp van die unieke profielen kunnen we de verschillende bodemorganismen van elkaar onderscheiden.

Eerst nemen we een bodemmonster, in de wetenschap dat er in één grammetje aarde al miljoenen cellen zitten van duizenden organismen. Vervolgens onttrekken we daaraan alle DNA en zoeken en ordenen we de verschillende DNA profielen. Dat proces noemen we ‘DNA sequencen’. Op het eerste gezicht krijgen we zo alleen maar een rij met letters – A’s, T’s, C’s en G’s – maar als we wat beter kijken, kunnen we daarin wel degelijk allerlei verschillende organismen herkennen.

Soms vinden we DNA sequenties die overeenkomen met wat we al eerder in de bodem hebben aangetroffen, maar soms vinden we ook iets nieuws. Zo’n nieuwe sequentie kan duiden op een nog onbekende soort. Toen we bijvoorbeeld de bodem van het Central Park in New York onderzochten, deden we de opmerkelijke ontdekking dat maar zo’n 7 tot 15% van alle soorten die we daar aantroffen al eerder gedocumenteerd was. Stel je voor: als je in zo’n bekend park al zoveel onbekende soorten tegenkomt, hoeveel zouden het er dan wel niet zijn als je overal op aarde de bodem kon onderzoeken?

De bodem barst van het onontdekte leven, en we zoeken voortdurend naar nieuwe manieren om iets over die mysterieuze organismen te weten te komen. Bedenk dus de volgende keer als je naar beneden kijkt en een paddestoel of een regenwormpje ziet, dat het niet meer is dan het topje van de ijsberg wat betreft de bodemdiversiteit.  Er leeft nog veel meer onder de oppervlakte!

Trefwoorden: year of soil columns